Долгое время не хватало средств на возведение новой церкви. Во многом благодаря купцу Шилову И.Я. задуманное стало осуществляться. 9 мая 1847 года был освящён фундамент церкви, а в 1851 году все основные строительные работы были завершены.
В 1930-е годы церковь была закрыта. Несмотря на то, что церковь была разорена, само здание не было разрушено, поскольку было приспособлено под нужды Советской власти. В то же время - остальные церкви города - были разобраны или перестроены до неузнаваемости.
Сохранение здания Никольской церкви - стало уникальным.
В 1992 году здание было возвращено церкви. Начались восстановительные работы и в 1995 году состоялось открытие и освящение восстановленного Градоякутского Свято-Никольского кафедрального Собора, а над городом вновь разнёсся звон колоколов.
Свято-Никольский Собор - стал местом, где переплетается духовность и история прошедших веков.
(Сведения об истории Собора были получены из книги Петрова П.П. "Градоякутские православные храмы". Изд-во "Бичик". Якутск, 2000 г.)
